#!/usr/bin/perl -w
#Markus Westphal 25.01.2006

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#            Markus Westphal  auswblast4blocks.pl    #
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use strict;
my($pf,$j,$i,$datei,$erg,$record,@record,$eval,$round,$notf,@notf,$leer,$count,$idoben,$idunten);
$i = 1;

#globale Variabeln füllen
$datei = "pax6.psiblast";
$i = 0;
$round = 1;
$count = 0;

#EINLESEN Dateinamen Blastergebnis
for($j = -1; $j < $#ARGV; $j++)
{
   if($ARGV[$j] =~ /^datei/)
   {
       ($pf, $datei) = split("=", $ARGV[$j]);
   }
}

#AUSGABEDATEI
open(TF, ">psiblasteval_1.txt") || die ("Die Ausgabedatei 1 kann nicht erstellt werden!\n");
open(TF2, ">psiblasteval_2.txt") || die ("Die Ausgabedatei 2 kann nicht erstellt werden!\n");
open(NF, ">psiblastnfc.txt") || die ("Die Ausgabedatei 3 kann nicht erstellt werden!\n");
#EINLESEN
open(DT,"<$datei") || die ("$datei kann nicht geoeffnet werden!");

 $/ = "Results from round";
 while(<DT>)
 {
  if($_ =~ /^ \d+/)
  {
   &check($_);
  }
 }
 close(DT);

#FUNKTIONEN
sub check()
{
 my($record) = @_;
 $count = 0;
 if($round == 1)
 {
   $record =~ /\s+\d+.*\(bits\) Value\n\n(.*)\n\n/s;
   $erg = $1;
 }
 else
 {
   $record =~ /\s+\d+.*Sequences used in model and found again:\n\n(.*)\n\nSequences not found previously or not previously below threshold:\n\n(.*)\n\n/s;
   $erg = $1;
   $notf = $2;
   if($notf =~ /CONVERGED!/im)
   {
    print NF "$round 0\n";
   }
   else
   {
    @notf = split("\n", $notf);
    $count = $#notf+1;
    print NF "$round $count\n";
   }
 }
  @record = split("\n",$erg);
  if($round == 1)
  {
   $record[0] =~ /(\w+).*\s+\d+\s+.*/;
   $idoben = $1;
   $record[$#record/2] =~ /(\w+).*\s+\d+\s+.*/;
   $idunten = $1;
  }
 foreach(@record)
 {
  if($_ =~ /^$idoben/i)
  {
   $_ =~ /\w+.*\s+\d+\s+(.*)/;
   $_ = $1;
   print TF "$round $_\n";
  }
  elsif($_ =~ /^$idunten/i)
  {
   $_ =~ /\w+.*\s+\d+\s+(.*)/;
   $_ = $1;
   print TF2 "$round $_\n";
  }
 }
 $round++;
}
close(TF);
close(TF2);
close(NF);