Conotoxine:

Aufgabe:

Mutieren Sie per Skript alle Aminosäuren mit Ausnahme der Cysteine und Proline gegen diejenige Aminosäure, die in der blosum65-Matrix den ähnlichsten Wert hat.
Stellen Sie das Molekül so dar, dass man die "polar surface area" (polare Atome an der Oberfläche) abschätzen kann. Vergleichen Sie mit dem unveränderten Protein.

Skript: Für das Conotoxin 1NOT

Gewählt wurden zum mutieren aus der Blosum-65:
E -> Q=2 (Glutamin - GLN)
C -> C
C -> C
N -> D=1 (Asparaginsäure - ASP)
P -> P
A -> S=1 (Serin - SER)
C -> C
G -> A=0 (Alanin - ALA)
R -> K=2 (Lysin - LYS)
H -> Y=2 (Tyrosin - TYR)
Y -> H=2 (Histidin - HIS)
S -> T=1 (Threonin - THR)
C -> C

wizard mutagenesis
refresh_wizard
cmd.get_wizard().do_select('1/CA')
cmd.get_wizard().set_mode("GLN")
cmd.get_wizard().apply()
#cmd.set_wizard()
refresh_wizard
cmd.get_wizard().do_select('4/CA')
cmd.get_wizard().set_mode("ASP")
cmd.get_wizard().apply()
#cmd.set_wizard()
refresh_wizard
cmd.get_wizard().do_select('6/CA')
cmd.get_wizard().set_mode("ALA")
cmd.get_wizard().apply()
#cmd.set_wizard()
refresh_wizard
cmd.get_wizard().do_select('8/CA')
cmd.get_wizard().set_mode("ALA")
cmd.get_wizard().apply()
#cmd.set_wizard()
refresh_wizard
cmd.get_wizard().do_select('9/CA')
cmd.get_wizard().set_mode("LYS")
cmd.get_wizard().apply()
#cmd.set_wizard()
refresh_wizard
cmd.get_wizard().do_select('10/CA')
cmd.get_wizard().set_mode("TYR")
cmd.get_wizard().apply()
#cmd.set_wizard()
refresh_wizard
cmd.get_wizard().do_select('11/CA')
cmd.get_wizard().set_mode("HIS")
cmd.get_wizard().apply()
#cmd.set_wizard()
refresh_wizard
cmd.get_wizard().do_select('12/CA')
cmd.get_wizard().set_mode("THR")
cmd.get_wizard().apply()
cmd.set_wizard()

Zur Darstellung:
set dot_density, 3
remove hydro
remove solvent
show dots
set dot_solvent, on
get_area elem N+O
get_area elem C+S
get_area all
set transparency, 0.6
set surface_quality, 1

Zur Darstellung B-Faktor:
spectrum b, selection=1NOT, minimum=20, maximum=50

Ergebnis:

Vor der Mutation / nach der Mutation

B-Faktor Färbung: