import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.io.PrintWriter;


public class Eval extends Thread{
	
	String datei;
	double schwelle, start = 0.01, conc1, conc2, fc, fce, pvalue, ln_p, pv;
	Double[] schwellen;
	double tp[], tpln[], out_tpln[], out_tp[];
	double fp[], fpln[], out_fpln[], out_fp[];
	Thread th;
	String[] values;
	int cfp = 0, ctp = 0;
	
	// Konstruktor
	public Eval(String datei)
	{
		this.datei = datei;
		this.schwelle = Double.parseDouble(Stammfenster.ttthreshold.getText());
	}
	// Überarbeitete Start
	public void start(Thread t)
	{
		th = t;
		super.start();
	}
	// Neue Run
	public void run()
	{
		readTT();
	}
	// Einlesen der TTestout
	public void readTT()
	{
		// Array mit Schwellenwerten füllen
		schwellen = new Double[(int) (schwelle/0.01)]; int i = 0;
		out_tpln = new double[schwellen.length]; out_tp = new double[schwellen.length];
		out_fpln = new double[schwellen.length]; out_fp = new double[schwellen.length];
		fpln = new double[schwellen.length]; tpln = new double[schwellen.length];
		fp = new double[schwellen.length]; tp = new double[schwellen.length];
		try
		{
			for(double db = start;db <= schwelle+0.01;db = db + 0.01)
			{
				schwellen[i] = db;
				i++;
			}
		}catch(Exception e){}
		// READ
			BufferedReader mrg;
			try {mrg = new BufferedReader(new FileReader(datei));
			String line = "";
				line = mrg.readLine();
				while(line != null)
				{
					int elements = line.compareTo("\t");
					values = new String[elements];
					values = line.split("\t");
					// Kontrolle, damit keine Striche...
					 if(values[1].equals("-")){conc1 = 0.0; conc2 = 0.0;}
					 else{conc1 = Double.parseDouble(values[1]); conc2 = Double.parseDouble(values[5]);}
					fc = Double.parseDouble(values[10]); fce = Double.parseDouble(values[9]);
					values[11] = values[11].replace("p:","");
					values[12] = values[12].replace("lnp:","");
					pvalue = Double.parseDouble(values[11]); ln_p = Double.parseDouble(values[12]);
						//Falsch Positiv -> kleine Schwelle und nicht gespikte (conc1 und conc2 = 0.0)
						if(conc1 == 0.0 && conc2 == 0.0 && pv <= schwelle)
						{
							cfp++;
							// Wert mit den einzelnen Schwellen
							int y = 0;
							for(double sw:schwellen)
							{
									if(ln_p <= (sw+schwelle)){fpln[y]++;} // wenn Wert unter der Schwelle -> ++
									if(pvalue <= sw){fp[y]++;}
									y++;
							}
						}
						// True-Positives -> gespikte 0.5 - 64
						else if(conc1+conc2 <= 64 && conc1 >= 0.5 && conc2 >= 0.5)
						{
							ctp++;
							// Wert mit den einzelnen Schwellen
							int y = 0;
							for(double sw:schwellen)
							{
								if(ln_p <= (sw+schwelle))// wenn Wert unter der Schwelle -> ++
								{
									if(((fce-1)*(fc-1)) > 0)
									{
										tpln[y]++;
									}
								} 
								if(pvalue <= sw)
								{
									if(((fce-1)*(fc-1)) > 0)
									{
										tp[y]++;
									}
								}
								y++;
							}
						}
					line = mrg.readLine();
				}
				// OUTPUT
				PrintWriter daten = new PrintWriter("eval_ttest.txt");
				for (int j = 0; j < schwellen.length; j++)
				{
					out_tpln[j] = Math.round((tpln[j]/ctp)*100000.)/100000.;
					out_fpln[j] = Math.round((fpln[j]/cfp)*100000.)/100000.;
					out_tp[j] = Math.round((tp[j]/ctp)*100000.)/100000.;
					out_fp[j] = Math.round((fp[j]/cfp)*100000.)/100000.;
				}
				//daten.println("fp\ttp");
				for (int j = 0; j < schwellen.length; j++)
				{
					daten.println(out_fp[j]+ "\t" +out_tp[j]); //Math.round(schwellen[j]*100.)/100.+"\t"+
				}
				//daten.println("\nfpln\ttpln");
				daten.println();
				for (int j = 0; j < schwellen.length; j++)
				{
					daten.println(out_fpln[j]+ "\t" +out_tpln[j]); //Math.round(schwellen[j]*100.)/100.+"\t"+
				}
				daten.close();
	} 
	catch (FileNotFoundException e) {e.printStackTrace();} 
	catch (IOException e) {e.printStackTrace();}
}
}