dna1.fasta:

Ergebnis nach Genescan für die DNA:

Auswahl

dna2.fasta:

Ein Ergebnis nach Genscan für die DNA: (Zufallswahl)

>hg16_dna|GENSCAN_predicted_peptide_4|250_aa
MPALQVSRPHLVVRLCYGPVLDIKEKLAHMSRRMMKGSERGQHKLSAICCVRGCSQTLLC
AGDSLGQESRQGTVGMAVSAPFTGPINELQLGRLKLLGAGIIWKLLHLYAWYLGWDDSKA
GLSWGCLPEHLRVDPSWSSGFLQHGSWLPKWEGSKRFSMKKLIAAQFGKPGDVWRSRETQ
KGWFASPKGSVAAIVDDERLSAEEMDERRRQNIAYEYLCHLEEAKRASLGLFPTRSPMMI
NAQQDSGISD

>hg16_dna|GENSCAN_predicted_CDS_4|753_bp
atgccggcactgcaggtctccaggccacatttagtagtgaggctctgctacggaccagtt
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ttagaggaagccaaaagagcttccttgggtcttttccccactcgcagcccaatgatgata
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Ausgewählt wurde nach BLAT wieder der Eintrag mit dem besten Score (749) und 100% Identität:

Auswahl



 

dna3.fasta:

Bei Genescan ergab die Suchsequenz 2 Vorhersagen, eine sehr lange und ein sehr kurze. Gewählt wurde die lange Sequenz:

>genomic_seq3|GENSCAN_predicted_peptide_1|1733_aa
MKKMETEETFEIDGSSVQLVSLSAITLETGNTSRKTKKPLGPNGYHFVKQVKEGGPAFEA
GLCTGDQIIKVNGESVIGKTYSQVISLIQNSDTTLELSVMPQYEDILQVAYSQDAYLKGN
EAYSGNARNIPEPPPICYPWLPSAPSAMAQPVEIAPPDSSLSKQQTSTPVLTQPGRAYRM
EIQVPPSPTDVAKSNTAVCVCNESVRTVIVPSEKVVDLLSNRNNHTGPSHRIEEVRYGVN
EQTSLKTVSRTTSPPLSIPTTHLIHQPAGSRSLEPSGILLKSGNYSGHSDGISSSRSQAV
EAPSVSVNHYLPNSHQHIDWKNYKTYKEYIDNRRLHIGCRTIQERLDSLRAASQSTMDYN
QVVPNRTTLQGRRRSTSHDRVPQSVQIRQRSVSQERLEDSVLMKYCPRSASQGALTSPSV
SFSNHRTRSWDYIEGQDETLENVNSGTPIPDSNGEKKQTYKWSGFTEQDDRRGIYERPRQ
QEIHKSFRGSNFTVAPSVVNSDNRRMSGRGVGSVSQFKKIPPDLKTLQSNRNFQTACGMS
LPRGISQDRSPLVKVRSNSLKAPSTHVTKPSFNQKSFVSIKDQRPVNHLHQNSLLNQQTW
SSENAGTSDLELPVSQRNQDLSLQEAEIEQSDTLDNKEAVILREKPPSGHQTPQPLRHQS
YILAVNDQETRHYLLAAHDARREVHIKRMEERKALSTSPPGDSLASVPFIDEPTSPSIDH
DIAHIPASAVISASTSQVPCIATVPPSLTTSVPLICRQLSHDHESVGPHSLNAQPNSKTE
RSKSYDEGLDDYREDVKLSFKHVSSLKGIKVADSQKSSEDSGSRKDSSSEAFSDAAKEGW
LHFRSLVTDNGNETKRKNVFRLTTSDCECLFQAEDRDDMLAWIKTIQESSNLNEEDTGVT
NRDLISRTIKEYNNLMSKAEQLPKTPRQSLSIRQTLPGAKSEPKTQSPHSPKEESERKLL
SKDDTSPPKDESTWRKGIPSIMRKTFERKPTATGTFGVRLDDCPPAHTNRKLPESLFTND
KYADFIEANRKEEPLDRLKTLKRLIHDLPEHHYETLKFLSAHLKTVAENSEKNKMEPGNL
AIVFGPTLVRTSEDNMTHMVTHMPDQYKIVETLIQHHDWFFTEEGAEEPLTTVQEESTVD
SQPVPNIDHLLTNIGRTGVSPGDVSDSATSDSTKSKGSWGSGKDQYSRELLVSSIFAAAS
RKRKKPKEKAQPSSSEDELDNVFFKKENVEQCHNDTKEESKKESETLGRKQKIIIAKENS
TRKDPSTTKDEKISLGKESTPSEEPSSPHNSEHNKSPTLSCRFAILKDSPRSLLAQKSSH
LEETGSDSGTLLSTSSQASLARFSMKKSTSPETKQRVFGQHYSTTSSAAYLTSLDSSRLS
PEVQSAAESKGDEADDERSELISKGRPVETDSESEFPVFPTALTSERLFRGKLQEVTKSS
RRNSEGSELSCTEGSLTSSLDSRRQLFSSHKLIECDTLSRKKSARFKSDSGSLGDAKNEK
EAPSLTKVFDVMKKGKSTGSLLTPTRGESEKQEPTWKTKTADRLKLRPRAPADDMFGVGN
HKVNAETAKRKSIRRRHTLGGHRDATEISVLNFWKVHEQSGERESELSAVNRLKPKCSAQ
DLSISDWLARERLRTSTSDLSRGEIGDPQTEKPSTREIATTDTPLSLHCPTGSSSSILAS
TNRPLLSIPPQSPDQINGESFQNVSKNASSAANAQPHKLSETPGNKAEFHPCL

>genomic_seq3|GENSCAN_predicted_CDS_1|5202_bp
atgaagaaaatggaaacagaggagacttttgagattgatggaagctctgtgcagctggtc
agtctctcagccattactttggaaacaggaaacacctcaaggaaaacaaagaaaccgctt
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acaaacaggccccttctttccataccaccacagtcacctgaccaaataaatggagaaagc
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Im Ergebnis in BLAT ergeben sich 2 gute Scores, bei näherer Betrachtung ist aber nur ein Bereich sinnvoll:

Der Eintrag mit dem etwas niedrigeren Score und nur 98% Identität ist sehr "zerstückelt" und die passenden Bereiche liegen sehr weit auseinander, daher könnte man annehmen, dass der 1. Eintrag der eher passende ist, da er 100% Übereinstimmung hat und die Bereiche nicht so weit getrennt sind. Aus der Übersicht geht jedoch hervor, dass er keine mRNA codiert.

Höchster Score

Zweithöchster Score