import java.util.*;
import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;
import java.io.*;

public class Haupt extends Thread {
	
	String status = "start";
	String dat;
	Thread t;

	// Constructor
	public void start(Thread thread) 
	{	
		  t = thread;
		  super.start();
	}                 
	
	public Haupt(String d)
	{
		dat = d;
	}
	
	// Run Parameter
	public void run()
	{
		if(t != null){
		try{t.join();t = null;}
		catch(InterruptedException e) {}
		}
		try 
		{
			System.out.println(dat);
			// Dateinamen der .cdf ermitteln in der .cdf
			String cdfname, cdferg = "", out = "", celout = "";
			int point = dat.indexOf(".");
			celout = dat.substring(0, point);
			cdferg = celout+"cdf.erg";
			out = celout+"celcdf.mrg";
			celout = celout+"_zw.erg";
			cdfname = getCel(dat)+".cdf";
			System.out.println("Dateiname der CDF ermittelt: "+cdfname);
			// Werte aus der cdf lesen und speichern in Datei
			readCDF(cdfname);
			System.out.println("CDF Ergebnis erstellt!");
			// Werte aus der cel lesen und speichern in Datei
			readCEL(dat, celout);
			System.out.println("CEL Ergebnis erstellt!");
			buildout(celout, out);
			Stammfenster.progress.setValue(Stammfenster.progress.getValue()+1);
			System.out.println("Zusammenfassung erstellt!");
			System.out.println("Fertig!");
		} 
		catch (FileNotFoundException e) 
		{
			e.printStackTrace();
		} 
		catch (IOException e) 
		{
			e.printStackTrace();
		}
	 //try{notifyAll();}catch(Exception ex){}
	}
// Dateinamen der .cel ermitteln
	// Hashmap zum Speichern CDF erstellen
	HashMap<String,String> cdfhm = new HashMap<String,String> ();
	
	public String getCel(String datei) throws FileNotFoundException, IOException
	{
		boolean run = true;
		BufferedReader dat = new BufferedReader(new FileReader(datei));
		String output = "", datname = "";
		while(run == true)
		{
			String tmp = dat.readLine();
			if(tmp.startsWith("DatHeader="))
			{
				// Regex erstellen
				Pattern p = Pattern.compile("DatHeader=.*\\s(.*)\\.1sq");
				// Matcher den Text von p geben
				Matcher m = p.matcher(tmp);
				// auszuführende Aktion von Matcher
				m.find();
				// Je nach Klammer Gruppe wählen
				datname = m.group(1);
				run = false;
				//System.out.println(datname);
			}
		}
		return datname;
	}
	
// Einlesen CEL-File. Übergabe Dateiname. Auswertung für X,Y,MEAN in out
	public void readCEL(String datei, String out) throws FileNotFoundException, IOException
	{
		// Datei zum Lesen öffnen
		BufferedReader cel = new BufferedReader(new FileReader(datei));
		// Datei zum Schreiben öffnen
		try {PrintWriter daten = new PrintWriter(out);
		boolean absch = true;
		String tmp = "";
		int count = 0;
		while(tmp != null)
		{
			absch = true;
			boolean search = true;
			while(search == true)
			{
				tmp = cel.readLine();
				if(tmp != null)
				{
					Pattern p = Pattern.compile("CellHeader=.*");
					Matcher wm = p.matcher(tmp);
					if(wm.find()){search = false;}
				}
				else{search = false;}
			}
			while(absch == true)
			{
				tmp = cel.readLine();
				if(tmp != null)
				{
					Pattern w = Pattern.compile("\\s*(\\d+)\\s+(\\d+)\\s+(\\d+\\.\\d).*");
					Matcher mw = w.matcher(tmp);
					if(mw.find())
					{
						count++;
						//System.out.println(count);
						daten.print(count+": ");
						daten.print("X="+mw.group(1)+" ");
						daten.print("Y="+mw.group(2)+" ");
						daten.print("MEAN="+mw.group(3)+" ");
						daten.print("\n");
					}
					else{absch = false;}
				}
				else{absch = false;}
			}
		}
        daten.close();
        } 
        catch (FileNotFoundException e) 
        {
                e.printStackTrace();
        }
	}
	
// Einlesen CDF-File. Übergabe Dateinamen. Auswertung X,Y,QUAL,ATOM,CBASE,PBASE,TBASE in cdferg.txt
	public void readCDF(String datei) throws FileNotFoundException, IOException
	{
		// Datei zum Lesen öffnen
		BufferedReader cdf = new BufferedReader(new FileReader(datei));
		// Datei zum Schreiben öffnen
		try {PrintWriter daten = new PrintWriter("cdferg.txt");
		boolean absch = true;
		String tmp = "";
		int count = 0;
		while(tmp != null)
		{
			absch = true;
			boolean search = true;
			while(search == true)
			{
				tmp = cdf.readLine();
				if(tmp != null)
				{
					Pattern p = Pattern.compile("[Unit\\d+.*]");
					Matcher wm = p.matcher(tmp);
					if(wm.find()){search = false;}
				}
				else{search = false;}
			}
			while(absch == true)
			{
				tmp = cdf.readLine();
				if(tmp != null)
				{
					Pattern w = Pattern.compile("Cell\\d+=(\\d+)\\s+(\\d+)\\s+\\w\\s+\\w+\\s+(.*)\\s+\\d+\\s+\\d+\\s+(\\w)\\s+(\\w)\\s+(\\w)\\s+(\\d+)\\s+.*");
					Matcher mw = w.matcher(tmp);
					if(mw.find())
					{
						count++;
						//System.out.println(count);
						daten.print(count+": ");
						daten.print("X="+mw.group(1)+" ");
						daten.print("Y="+mw.group(2)+" ");
						daten.print("QUAL="+mw.group(3)+" ");
						daten.print("ATOM="+mw.group(7)+" ");
						daten.print("CBASE="+mw.group(4)+" ");
						daten.print("PBASE="+mw.group(5)+" ");
						daten.print("TBASE="+mw.group(6)+" ");
						if(mw.group(4).equals(mw.group(5))&& mw.group(5).equals(mw.group(6)))
						{
							daten.print("MM");
							cdfhm.put(mw.group(1)+ "_" +mw.group(2), mw.group(3)+ "\t\t"+mw.group(7)+"\t"+mw.group(4)+"\t"+mw.group(5)+"\t"+mw.group(6)+"\tMM");
						}
						else
						{
							daten.print("PM");
							cdfhm.put(mw.group(1)+ "_" +mw.group(2), mw.group(3)+"\t\t"+mw.group(7)+"\t"+mw.group(4)+"\t"+mw.group(5)+"\t"+mw.group(6)+"\tPM");
						}
						daten.print("\n");
						
					}
					else{absch = false;}
				}
				else{absch = false;}
			}
		}
        daten.close();
        } 
        catch (FileNotFoundException e) 
        {
                e.printStackTrace();
        }
	}
	
	public void buildout(String celdatei, String output) throws IOException
	{
		// CELErg zum Lesen öffnen
		BufferedReader cel = new BufferedReader(new FileReader(celdatei));
		// Datei zum Schreiben öffnen
		try {PrintWriter daten = new PrintWriter(output);
		String celline = "";
		boolean search = true;
		daten.println("X\tY\tMEAN\t\tQUAL\t\tATOM\tCBASE\tPBASE\tTBASE\tMM/PM\n");
		while(celline != null)
		{
			celline = cel.readLine();
			if(celline != null)
			{
				Pattern ce = Pattern.compile("\\d+:\\sX=(\\d+)\\sY=(\\d+)\\sMEAN=(\\d+\\.\\d)");
				Matcher mce = ce.matcher(celline);
				mce.find();
				String cex = mce.group(1), cey = mce.group(2), cemean = mce.group(3);
				// CDFErg zum Lesen öffnen
				// System.out.println(cex + " " + cey);
				String ausg = cdfhm.get(cex +"_"+ cey);
				if(ausg != null)
				{
					daten.println(cex +"\t"+ cey +"\t"+ cemean +"\t\t"+ ausg);
				}
				else{daten.println(cex +"\t"+ cey +"\t"+ cemean);}
			}
		}
        daten.close();
        } 
        catch (FileNotFoundException e) 
        {
                e.printStackTrace();
        }
	}	
}