MHC:

Aufgabe:

1UXW (Crystal Structure Of Hla-B*2709 Complexed With The Latent Membrane Protein 2 Peptide (Lmp2) Of Epstein-Barr Virus)
Finden Sie die entsprechende Sequenz in der SwissProt und kennzeichnen auf der Sequenz, welche Aminosäuren der SwissProt-Sequenz in der
PDB-Struktur enthalten sind.
Kennzeichnen Sie die Konturen des viralen Peptids in der Bindetasche sowie in einer anderen Farbe die Konturen der Bindetasche

Skript:

show surface
select chainc, chain C
color red
color blue, chainc
cmd.disable('chainc')
cmd.remove("(all) and hydro")
cmd.remove("(solvent and (1UXW))")
dist bindungen, chain A, chain C, mode=2
cmd.hide("labels" ,"bindungen")
cmd.hide("everything","1UXW")
cmd.show("sticks" ,"1UXW")
create ligand, chain C
cmd.show("surface" ,"ligand")
ray 1200, 900


Ergebnis:

Ligand