import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.io.PrintWriter;
import java.util.*;
import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;

public class Minusbg extends Thread {
	double dim, rang, mi, sta;
	String datei;
	Thread t;
	// Constructor
	public Minusbg(double dim, double rang, double mi, String datei)
	{
		this.dim = dim; this.rang = rang; this.mi = mi; this.datei = datei;
	}
	// Start überschreiben
	public void start(Thread thread, int sta) 
	{	
		this.sta = sta;
		t = thread;
		super.start();
	}      
	// Überschriebene RUN
	public void run()
	{ 
		if(t != null){
			try{t.join();t = null;}
			catch(InterruptedException e) {}
			}
		if(sta == 1)
		{
			Stammfenster.loglist.setText(Stammfenster.loglist.getText()+"Einlesen abgeschlossen\n");
			Stammfenster.loglist.setText(Stammfenster.loglist.getText()+"Minimierung Background gestartet...\n");
		}
		else if(sta == 2)
		{
			Stammfenster.loglist.setText(Stammfenster.loglist.getText()+"Background minimiert\n");
		}
		// Dateinamenverarbeitung
		int point = datei.indexOf(".");
		datei = datei.substring(0,point);
		String output = datei+"minbg.mrg";
		datei = datei+"celcdf.mrg";
		try 
		{
			minbg((int)dim, (int)rang, (int)mi, datei, output);
		} 
		catch (IOException e) 
		{
			e.printStackTrace();
		}
		Stammfenster.loglist.setText(Stammfenster.loglist.getText()+"Einlesen abgeschlossen\n");
		Stammfenster.progress.setValue(Stammfenster.progress.getValue()+3);
	}
	
	float values[][];
	float nu, ne = 0; 
	HashMap<String,String> erg = new HashMap<String,String> ();
	float mini[];
	
	// Übergabewerte: Kantenlänge des Chips, Umfeldgröße, Anzahl der Minimalwerte in % 
	public void minbg(int dimension, int range, int min, String in, String out) throws IOException
	{
		// READ
		BufferedReader mrg = new BufferedReader(new FileReader(in));
		// WRITE
		try {PrintWriter daten = new PrintWriter(out);
		
		String line = " ";
		float value;
		values = new float[dimension][dimension];
		line = mrg.readLine();
		while(line != null)
		{
			Pattern pat = Pattern.compile("(\\d+)\\s+(\\d+)\\s+(\\d+)\\.\\d\\s+(.*)");
			Matcher mat = pat.matcher(line);
			Pattern pat2 = Pattern.compile("(\\d+)\\s+(\\d+)\\s+(\\d+)\\.\\d");
			Matcher mat2 = pat2.matcher(line);
			if(mat.find())
			{
				value = Float.parseFloat(mat.group(3));
				values[Integer.parseInt(mat.group(1))][Integer.parseInt(mat.group(2))] = value;
				// Rest unter den Koordinaten abspeichern
				erg.put(mat.group(1) +"_"+ mat.group(2),mat.group(4));
			}
			if(mat2.find())
			{
				//System.out.println("MAT2");
				value = Float.parseFloat(mat2.group(3));
				values[Integer.parseInt(mat2.group(1))][Integer.parseInt(mat2.group(2))] = value;
			}
			line = mrg.readLine();
		}
		int anz = (range*range)*min/100;
		
		// Jeden Punkt der Matrix durchlaufen
		for(int i = 0; i < dimension ;i++)
		{ 
			for(int j = 0; j < dimension;j++)
			{
				// Startpunkt untere rechte Ecke
				int xdim = i+(range/2), ydim = j+(range/2), count = 0;
				// Umfeld
				float tmp;
				mini = new float[range*range];
				for(int zz = 0; zz < mini.length; zz++){mini[zz] = (int)(dim*dim);}// Dummi
				for(;xdim > 0;xdim--)
				{
					for(;ydim > 0;ydim--)
					{
						if(xdim >= 0 && ydim >= 0 && xdim < dimension && ydim < dimension)
						{
							try
							{
								for(int x = 0; x < anz; x++)
									{ 
										if(mini[x] > values[xdim][ydim]) // Wenn kleinster Wert
										{
											tmp = mini[x];
											mini[x] = values[xdim][ydim];
											for(int y = x+1; y < anz; y++)
											{
												try
												{
													tmp = mini[y];
													mini[y] = mini[y+1];
												}
												catch(Exception e){y = anz;}
											}
										 break; // Verlassen der FOR-Schleife
										}
										else if(mini[x] <= values[xdim][ydim] && mini[x+1] > values[xdim][ydim])
										{
											tmp = mini[x+1];
											mini[x+1] = values[xdim][ydim];
											for(int y = x+2; y < anz; y++)
											{
												try
												{
													tmp = mini[y];
													mini[y] = mini[y+1];
												}
												catch(Exception e){y = anz;}
											}
										 break; // Verlassen der FOR-Schleife
										}
									}
							}
							catch(Exception e){}
						}
					}
				}
				
				nu = 0;
				for(int fl = 0; fl < anz; fl++)
				{
					if(mini[fl] == dim*dim){mini[fl] = 0;} // Dummi
					nu = nu + mini[fl];
				}
				// Mittelwert
				nu = (int)values[i][j]-(nu/anz);
				if(nu < 10){nu = 10;}
				// Wert in Stream schreiben
				if(erg.get(i+"_"+j) != null)
				{
					daten.println(i+"\t"+j+"\t"+(int)nu+".0\t"+erg.get(i+"_"+j)); // Leerzeichen entfernt!
				}
			}
		}
		daten.close();
	  }
	  catch (FileNotFoundException e) 
      {
          e.printStackTrace();
      }	
	}
}