#!/usr/bin/perl -w
#Markus Westphal 17.01.2006

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#            Markus Westphal  pattern.pl             #
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use strict;
my($pf,$j,$i,$stand,$datei,$id,$length,$sequ,$search,$record,$ind);
$i = 1;

#globale Variabeln füllen
$datei = "patternerg.txt";
$i = 0;
$stand = 1;

#EINLESEN Dateinamen AUSGABEDATEI!
for($j = -1; $j < $#ARGV; $j++)
{
   if($ARGV[$j] =~ /^datei/)
   {
       ($pf, $datei) = split("=", $ARGV[$j]);
   }
}

#AUSGABEDATEI
open(TF, ">$datei") || die ("$datei kann nicht erstellt werden!\n");
 open(SW,"<sprot48.dat") || die ("Swissprot kann nicht geoeffnet werden!");
 $/ = "//\n";
 while(<SW>)
 {
  if($_ =~ /ID\s+CX/m)
  {
   if($_ =~ /DE.*Conotoxin/im){&auswertung($_);}
   elsif($_ =~ /DE.*Cytotoxin/im){&auswertung($_);}
  }
 }
close(SW);

#FUNKTIONEN
sub auswertung()
{
  $record = $_;
  $record =~ /ID\s+(\w+).*;\s+(\d+) AA\..*\n\w\w\s+.*SQ\s+SEQUENCE\s+\d+\sAA;.*;\n(.*)\/\//s; #benötigt wird ID SEQ und Länge der SEQ
  $id = $1;
  $length = $2;
  $sequ = $3;
  $sequ =~ s/ //g; $sequ =~ s/\n//g;
  if($length >= 20 && $length <= 30)
  {
   print TF ">$id $length AA.\n$sequ\n\n";
  }
}

close(TF);