#!/usr/bin/perl -w
#Markus Westphal 13.12.2006

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#            Markus Westphal  profiler shifter       #
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use strict;
my($pf,$procount,$profile,%profile,@profile,$abc,@abc,$j,$i,$datei,$seq,$score);
$i = 0;
#globale Variabeln füllen
$profile = "get-prosite-raw.txt";
$datei = "hefeP04807.fas";
$score = "";
$procount = 0;
#telomeraseQ86US8.fas,humanP51587.fas,mouseP97929.fas,hefeP04807.fas

#EINLESEN Dateinamen Profile
for($j = -1; $j < $#ARGV; $j++)
{
   if($ARGV[$j] =~ /^profile/)
   {
       ($pf, $profile) = split("=", $ARGV[$j]);
   }
}

#AUSGABEDATEI
 open(TF, ">shifter.txt") || die ("Die Ausgabedatei kann nicht erstellt werden!\n");
 #print TF "profile shifter:\n";

open(F, "<$profile") || die ("$profile kann nicht gelesen werden!\n");
while(<F>)
{
 #ABC: MA   /GENERAL_SPEC:
 if($_ =~ /^MA   \/GENERAL_SPEC: /i)
 {
   $_ =~ /MA   \/GENERAL_SPEC: ALPHABET=\'(.*)';.*\n/;
   $abc = $1;
   @abc = split("", $abc);
 }
 if($_ =~ /^MA   \/M: SY=/i)
 {
   $_ =~ /MA   \/M: SY=\'.*\'; M=(.*);\n/;
   &Buildprofile($1,$i);
   $i++;
 }
}
close (F);

#STARTER
print TF &Schieben(&Fastaread($datei));


#PROFILE LESEN
sub Buildprofile()
{
 my($zeile, $i) = @_;
 my($p) = 0;
 @profile = split(",",$zeile);
 foreach(@profile)
 {
  $profile{$i."_".$abc[$p]} = $_;
  #print TF $i."_".$abc[$p]."\n";
  $p++;
 }
 $procount++;
}

#FASTA DATEI LESEN
sub Fastaread()
{
 my($odat) = @_;
 open(DT,"<$odat") || die ("$odat kann nicht geöffnet werden!");
 
 while(<DT>)
 {
  $seq .= $_;
 }
 close(DT);

 $seq =~ />.*\.(.*)/s;
 $seq = $1;
 $seq =~ s/\n//g;
 return $seq;
}

#DURCHSCHIEBEN beliebiger SEQ
sub Schieben()
{
 my($seq) = @_;
 my($d,$z);
 $d = 0; $z = 0;
 #profile durch sequenz schieben start bei 0
 print length($seq);
 for($j = 0;$j < (length($seq)-$procount);$j++)
 {
  for($i = $j;$i < ($procount+$j);$i++)
  {
   $d = ($i-$j)."_".substr($seq,$i,1);
   $z = $profile{$d};
   $score = $score + $z;
  }
  #START SCORE
  print TF "$j $score\n";
  $score = 0;
 }
}
close(TF);