#!/usr/bin/perl -w
#Markus Westphal 09.01.2006

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#            Markus Westphal  proteomics.pl          #
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use strict;
my($pf,$ifrag,$i,$j,$datei,%massen,$mas,%masind,$suche,$record,$ind,$seq,@frag,@fragmas,$treffer);
$i = 1;

#globale Variabeln füllen
$datei = "proteoerg.txt";
$mas = "asmassen.txt";
my @suche = (1009.22,1552.51,976.15,953.11,957.06);
$i = 0;

#EINLESEN Dateinamen sprot und Massenliste
for($j = -1; $j < $#ARGV; $j++)
{
   if($ARGV[$j] =~ /^datei/)
   {
       ($pf, $datei) = split("=", $ARGV[$j]);
   }
   if($ARGV[$j] =~ /^mas/)
   {
       ($pf, $mas) = split("=", $ARGV[$j]);
   }
}

#AUSGABEDATEI
open(TF, ">$datei") || die ("Die Ausgabedatei kann nicht erstellt werden!\n");
#EINLESEN DER HUMAN RECORDS UND MASSEN
open(MA,"<$mas") || die ("$mas kann nicht geoeffnet werden!");
 while(<MA>)
 {
  $_ =~ /(\w)\s(.*)\n/;
  $massen{$1} = $2;
 }
close(MA);

open(SW,"<sprot48.dat") || die ("sprot48.dat kann nicht geoeffnet werden!");
$/ = "//\n";
 while(<SW>)
 {
  if($_ =~ /_HUMAN/i)
  {
   $record = $_;
   $record =~ /ID\s+(\w*)\s+.*.\nAC.*SQ\s+.*;\n(.*)\n\/\//s;
   $ind = $1;
   $seq = $2;
   $seq =~ s/ //g;
   $seq =~ s/\n//g;
   &mascalc($ind,$seq);
  }
 }
close(SW);
#FUNKTIONEN
sub mascalc()
{
 my($index,$sequ) = @_;
 my($letter,$zahl,$zahl2);
 print "CHECK: $index\n";
 for($i = 0,$ifrag = 0;$i < length($sequ);$i++)
 {
  $letter = substr($sequ,$i,1);
  if(!(defined($frag[$ifrag]))){$frag[$ifrag] = 0}
  $frag[$ifrag] += $massen{$letter}|| print TF "FEHLER! MasseFrag: $frag[$ifrag] + MasseAS: $massen{$letter} Buchstabe: $letter\n";
  if($letter =~ /K/ | $letter =~ /R/)
  {
   $ifrag++;
  }
 }
 #GRÖßENBEGRENZUNG
 $j = 0;
 foreach(@frag)
 {
  if($_ < 4000 && $_ > 800)
  {
   $fragmas[$j] = sprintf("%.2f", $_);
   #print TF "$fragmas[$j]\n";
   $j++;
  }
 }
 #SUCHEN
 $treffer = 0;
 foreach(@suche)
 {
  for($i = 0; $i < $#fragmas; $i++)
  {
   if($_ =~ /$fragmas[$i]/)
   {
    #print TF "TREFFER: $_ <> $fragmas[$i]\n";
    $treffer++;
   }
  }
 }
 if($treffer >= ($#suche-2))
 {
  print TF "ID $index $treffer Treffer\n";
 }
 undef(@fragmas);
 undef(@frag);
}
close(TF);