#!/usr/bin/perl -w
#Markus Westphal 09.01.2006

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#            Markus Westphal  sawmblocks.pl          #
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use strict;
my($pf,$j,$i,$datei,@alles,%links,$ind,%sequ,$sequ,$id,$aberg,%sort,@hilf,$ac,%idac,$pu,$erw);
$i = 1;

#GLOBALEN VARIABELN
$datei = "swissblocks.txt"; #Datei mit den Einträgen aus Blocks
$i = 0;
$pu = 0;

#EINLESEN Dateinamen der Swissprot-Einträge FASTA
for($j = -1; $j < $#ARGV; $j++)
{
   if($ARGV[$j] =~ /^datei/)
   {
       ($pf, $datei) = split("=", $ARGV[$j]);
   }
}

#AUSGABEDATEI
open(TF, ">ata_sw.txt") || die ("Die Ausgabedatei kann nicht erstellt werden!\n");
#EINLESEDATEI
open(DT,"<$datei") || die ("$datei kann nicht geoeffnet werden!");
$/ = "\n//\n";
 while(<DT>)
 {
  open(VV, ">varidat.txt") || die ("Die variable Wechseldatei kann nicht erstellt werden!\n");
  print VV $_;
  close(VV);
  print "$pu\n";
  my $water = qx(water -asequence varidat.txt -bsequence swissblocks.txt -gapopen 10 -gapextend 0.5 -outfile stdout);
  print TF $water;
  $_ =~ /ID\s+(\w+).*AC\s+(\w+);.*SQ\s+.*;\n(.*)\/\//s;
  $id = $1;
  $ac = $2;
  $sequ = $3;
  $sequ =~ s/ //g;
  $sequ =~ s/\n//g;
  $ac =~ s/\n//g;
  $sequ{$id} = $sequ;
  $idac{$id} = $ac;
  $pu++;
 }
close(DT);
close(TF);

#AUSWERTUNG
print "START DER AUSWERTUNG...\n";
#AUSGABEDATEI 2
open(TF2, ">percid4blast.txt") || die ("Die Ausgabedatei 2 kann nicht erstellt werden!\n");
#EINLESEN DER SW-ERGEBNISSE
open(SWA,"<ata_sw.txt") || die ("Die Ergebnisdatei kann nicht geoeffnet werden!");
#my $seq = qx(seqret swissprot:$ind -outseq allHBA.txt);

 $/="#=======================================\n#\n";
 while(<SWA>)
 {
 #print TF2 "$_"."XXXXXXXXXXXXXXXXX\n";
  if($_ =~ /^# Aligned_sequences:/)
  {
   $_ =~ /# 1: (\w+)\n# 2: (\w+).*# Length:\s+(\d+)\n#\s+Identity:\s+\d+\/\d+ \((\d+.\d+)%\)/s;
   if(!($1 eq $2))
  {
    $aberg = 31*($3**(-0.124)) + 3 * 18.2 * ($3**(-0.305));
    $aberg = $4-$aberg;
    $erw = $4;
    $ind = $2;
    if(!(defined $sort{$erw}))
    {
     $sort{$erw} = ">$ind -$1 $idac{$1}- $3 $4 AS:$aberg\n$sequ{$ind}\n";
    }
    else
    {
     while(defined($sort{$erw}))
     {
      $erw = $erw + 0.0000001;
     }
     $sort{$erw} = ">$ind -$1 $idac{$1}- $3 $4 AS:$aberg\n$sequ{$ind}\n";
    }
  }
  }
 }
 #SORTIEREN NACH PERCID UND AUSGEBEN
 @hilf = sort {$a<=>$b} keys %sort;
  foreach(@hilf)
   {
     if($_ < 34.8) #nimmt nur Einträge bis 51,8 % Identität
     {
      print TF2 "$sort{$_}";
     }
   }
close(SWA);
close(TF2);
print "AUSWERTUNG ABGESCHLOSSEN!\npercid4blast.txt wird geoeffnet";
system("percid4blast.txt");