Pattern:
Aufgabe: Pattern für Conotoxine entwickeln.
Conotoxine sind Muskelgifte der
Kegelschnecken (Conus). Es sind etwa
500 Conus-Arten bekannt, von denen jede einen arttypischen Satz von 50-200
individuellen Toxinen besitzt. Es gibt
also vermutlich einige Zehntausend unterschiedlicher Conotoxine. Die Toxine
werden nach gemeinsamen Zielproteinen im
Beuteorganismus gruppiert. Ein spezifisches Muster von Disulfid-Brücken
kennzeichnet die Struktur einer jeden
solchen Familie. Kegelschnecken-Gifte bestehen meist aus mehreren Komponenten,
deren Form und Wirksamkeit von der
primären Aminosäure-Sequenz sowie von den Disulfid-Brücken zwischen Restgruppen
der Aminosäuren abhängt. Die
Komponenten der Kegelschnecken-Gifte sind kleine Oligopeptide, die aus weniger
als 30 Aminosäuren bestehen.
Vermutlich liegt der wichtigste Vorteil dieser geringen Größe darin, dass die
Toxin-Moleküle schnell durch die
Gewebeflüssigkeit der Beutetiere diffundieren und damit eine raschere Lähmung
bewirken können.
Programm: Sucht die Conotoxine aus der Swissprot raus, beschränkt auf Länge 20-30AS.
Pattern: Erstellung des Pattern mit JalView
Bekannte Pattern aus der Prosite (PDOC60004):
Conotoxin alpha (4C): C - C - [SHYN] -
x(0,1) - [PRG] - [RPATV] - C - [ARMFTNHG] - x(0,4) - [QWHDGENFYVP] - [RIVYLGSDW]
- C
Conotoxin delta (6C): C - x(2) - [EPSAGT] - x(3) - C - [GSNDL] - x(0,3) - [PILV]
- x - [FPNDSG] - [GQ] - x - C - C - x(3,4) - C - [FLVIA] - x(1,2) - [FVIWA] - C
Conotoxin I-SuperFamilie (8C): C - {C}(6) - C - {C}(5) - C - C - x(1,3) - C
- C - x(2,4) - C - x(3,10) - C
Conotoxin Mu-Familie (6C): C - C - [TGN] - [PFG] - [PRG] - x(0,2) - C - [KRS]
- [DS] - [RK] - [RQW] - C - [KR] - [PD] - [MLQH] - x(0,1) - [KR] - C - C
Conotoxin Omega (6C): C - [SREYKLIMQVN] - x(2) - [DGWET] - x - [FYSPKV] - C
- [GNDSRHTP] - x(1,5) - [NPGSMTAHF] - [GWPNIYRSKLQ] - x - C - C - [STRHGD] -
x(0,2) - [NFLWSRYIT] - C - x(0,3) - [VFGAITSNRKL] - [FLIKRNGH] - [VWIARKF] - C
Eigenes Pattern:
1: findet keine Mu-Conotoxine aber Delta- und Omega Conotoxine (Ergebnis)
C-x(2)-[APRKF]-[GP]-x-[FSPK]-C-[GLRKHS]-x(3,7)-C-[CSTKR]-x(2,3)-[CHQML]-x(1,6)-[KRVAW]-C
2: findet delta-Conotoxine, Mu-Conotoxine und Omega-Conotoxine allerdings mehr nicht Conotoxine (Ergebnis)
C-x(2)-[SEGAPRKF]-[GPD]-x-[FSPKLM]-C-[DNGLRKHST]-x(3,5)-C-[CK]-x(1,3)-[KRTYWILFS]-C